Beliau adalah Syeikh Al-Islam, atau mahaguru, penganjur dan pemimpin utama dalam jejak dakwah dan pendidikan, dari keturunan Sayyid, yang mulia, Abdullah bin Alwi Al-Haddad Al-Alawi Al-Husaini Al-Hadrami As-Syafa’i, Imam Ahli zamannya, yang sering berdakwah kepada jalan Allah, berjuang untuk mengembangkan agama yang suci dengan lisan dan penanya yang menjadi tumpuan dan rujukan orang ramai dalam ilmu pengetahuan.

HABIB Usman bin Yahya lahir di Pekojan, Jakarta Barat pada tanggal 17 Rabi’ul Awwal 1238 H atau 1822 M. Ayahnya adalah Abdullah bin Aqil bin Syech bin Abdurahman bin Aqil bin Ahmad bin Yahya. Sedangkan ibunya adalah Aminah binti Syekh Abdurahman Al-Misri. Beliau pergi ke Mekah untuk menunaikan ibadah Haji, tetapi kemudian bermukim di sana selama 7 tahun dengan maksud memperdalam ilmunya. Guru utama beliau adalah ayahnya sendiri.